Cuando un trabajador recibe una incapacidad médica, los días correspondientes no se manejan exactamente igual que los días normalmente trabajados.
Esto puede hacer que el valor recibido en la nómina sea diferente, especialmente cuando la incapacidad se extiende durante varios días.
Para entender el cálculo hay que diferenciar primero el origen de la incapacidad, cuántos días dura y quién debe asumir su reconocimiento.
Respuesta rápida: cuando la incapacidad es por enfermedad general, los primeros 2 días están a cargo del empleador y, desde el tercer día, la prestación económica corresponde a la EPS conforme a las reglas aplicables. Si el origen es laboral, interviene el Sistema General de Riesgos Laborales y el tratamiento es diferente. Función Pública
¿Qué es una incapacidad laboral?
Una incapacidad se presenta cuando, por una condición de salud debidamente certificada, el trabajador se encuentra temporalmente imposibilitado para desempeñar sus labores.
Durante esos días no debemos tratar la situación como si el trabajador simplemente hubiera faltado a trabajar.
Existe una incapacidad médica, y dependiendo de su origen y duración existen reglas para el reconocimiento económico correspondiente.
Enfermedad general y origen laboral no son lo mismo
Este es el primer dato que debemos identificar.
Una incapacidad puede tener origen común, como una enfermedad que no se deriva del trabajo, o puede estar relacionada con un accidente de trabajo o enfermedad laboral.
Las entidades responsables cambian según el origen.
En enfermedad general intervienen el empleador y posteriormente la EPS.
En el Sistema General de Riesgos Laborales, la ARL reconoce las incapacidades temporales desde el día siguiente al accidente de trabajo o al diagnóstico de la enfermedad laboral, según la regulación aplicable. Función Pública
En esta guía nos concentraremos principalmente en la incapacidad por enfermedad general.
¿Quién paga los primeros días de incapacidad?
El Decreto 2943 de 2013 establece una regla muy clara:
Días 1 y 2 → Empleador
Desde el día 3 → EPS, de acuerdo con la normativa vigente. Función Pública
Por ejemplo, si tienes una incapacidad de solamente:
2 días
los dos primeros días corresponden al empleador.
Si la incapacidad dura:
5 días
la distribución sería:
| Día de incapacidad | Responsable |
|---|---|
| Día 1 | Empleador |
| Día 2 | Empleador |
| Día 3 | EPS |
| Día 4 | EPS |
| Día 5 | EPS |
Esta diferencia es importante al entender cómo se construye la nómina del periodo.
¿La incapacidad se paga igual que un día trabajado?
No debemos confundir salario por servicio prestado con el auxilio económico por incapacidad.
El artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo regula el auxilio monetario por enfermedad no profesional y establece, como regla legal, las dos terceras partes del salario durante los primeros 90 días y la mitad durante el tiempo restante hasta completar 180 días. Función Pública
Sin embargo, la aplicación de estos valores también está condicionada por las garantías constitucionales y las reglas vigentes sobre el mínimo que puede reconocerse.
Por eso una liquidación real debe aplicar la base y los límites legales correspondientes y no limitarse a descontar días como si fueran ausencias injustificadas.
Ejemplo sencillo de una incapacidad
Imaginemos un trabajador que recibe una incapacidad por enfermedad general durante:
5 días consecutivos
La distribución de responsables sería:
Día 1 y 2 → Empleador
Día 3, 4 y 5 → EPS
Eso no significa necesariamente que el trabajador reciba dos pagos separados directamente en su cuenta.
En la práctica, la forma en que se refleja el reconocimiento y el posterior trámite entre empleador y entidad puede depender del procedimiento correspondiente.
Lo importante para entender la nómina es identificar correctamente qué días fueron incapacidad y quién tiene a cargo la prestación económica.
¿Qué pasa si solamente me incapacitan un día?
Ese día se encuentra dentro de los primeros dos días que, tratándose de enfermedad general, están a cargo del empleador. Función Pública
Por eso no es correcto pensar que:
“La EPS siempre paga cualquier incapacidad.”
La responsabilidad depende de la duración y del origen.
¿Y si son exactamente dos días?
Los dos días continúan a cargo del empleador.
La EPS empieza a asumir la prestación correspondiente a partir del tercer día. Función Pública
Esta es precisamente la razón por la que nuestra calculadora separa los primeros dos días de los posteriores.
¿Qué pasa si la incapacidad dura 10 días?
Tendríamos:
Días 1 y 2 → Empleador
Días 3 al 10 → EPS
Es decir:
2 días a cargo del empleador
y
8 días a cargo de la EPS.
La duración cambia la distribución del responsable, aunque todos formen parte del mismo periodo de incapacidad.
¿Y si la incapacidad es muy larga?
Para incapacidades prolongadas existen diferentes responsables según la etapa.
Un concepto de Función Pública de 2026 resume la distribución para enfermedad de origen común así:
| Periodo | Responsable general |
|---|---|
| Días 1–2 | Empleador |
| Días 3–180 | EPS |
| Días 181–540 | Fondo de pensiones |
| Día 541 en adelante | EPS, conforme a las reglas aplicables |
Las incapacidades prolongadas tienen reglas adicionales y requieren un análisis más específico que una incapacidad corta incluida en una nómina ordinaria.
¿La incapacidad es lo mismo que una ausencia?
No.
Esta diferencia es fundamental para calcular una nómina.
Una incapacidad médica es una novedad respaldada por una certificación y cuenta con un tratamiento económico y de seguridad social específico.
Una ausencia injustificada es una situación diferente.
Por eso no deberíamos registrar una incapacidad como si simplemente fuera un día que el trabajador decidió no asistir.
En Mi Nómina Hoy ambas novedades se manejan de forma separada.
¿La incapacidad afecta el auxilio de transporte?
El auxilio de transporte tiene como finalidad contribuir al desplazamiento del trabajador entre su residencia y el lugar de trabajo.
Durante un día de incapacidad el trabajador no se desplaza para prestar normalmente el servicio.
Además, la regulación del auxilio establece su reconocimiento por los días en los que efectivamente se presta el servicio.
Por eso los días de incapacidad pueden afectar el valor proporcional del auxilio de transporte dentro del periodo.
Esto explica por qué un trabajador que normalmente recibe el auxilio completo podría ver un valor menor en una nómina donde tuvo varios días incapacitado.
Ejemplo con auxilio de transporte
Supongamos un trabajador que cumple los requisitos para recibir auxilio de transporte y normalmente recibe el valor mensual correspondiente.
Durante el mes presenta varios días de incapacidad.
Al calcular el periodo debemos separar:
Días efectivamente trabajados
de
Días de incapacidad.
El auxilio de transporte se determina teniendo en cuenta los días que generan el derecho, mientras la incapacidad se registra como una novedad independiente.
No sería correcto simplemente pagar todos los conceptos como si el trabajador hubiera prestado normalmente el servicio durante cada día del mes.
¿Qué pasa con las horas extra durante una incapacidad?
Una incapacidad no genera horas extra por sí misma.
Si el trabajador estaba programado para realizar determinado turno pero se encontraba incapacitado, esas horas no deben convertirse automáticamente en:
- Horas ordinarias trabajadas.
- Recargos nocturnos.
- Horas extra.
- Trabajo en día de descanso obligatorio.
La incapacidad sustituye la prestación efectiva del servicio durante ese periodo.
¿Qué ocurre si estaba programado para trabajar de noche?
El mismo principio aplica.
Supongamos que estabas programado:
6:00 p. m. – 6:00 a. m.
pero ese día estabas cubierto por una incapacidad médica.
No debemos calcular el turno como si efectivamente se hubiera trabajado.
Por tanto, no corresponde generar automáticamente recargos nocturnos u horas suplementarias por un turno que no fue realizado.
¿Y si la incapacidad coincide con un domingo o festivo?
Que el día de incapacidad coincida con un domingo o festivo no significa que el trabajador haya laborado ese día.
Los recargos asociados al trabajo en días de descanso obligatorio dependen precisamente de la realización efectiva del trabajo.
La incapacidad debe registrarse como la novedad correspondiente.
Incapacidad por accidente de trabajo
Cuando la incapacidad se origina en un accidente de trabajo o enfermedad laboral, las reglas cambian.
El Decreto 2943 señala que, dentro del Sistema General de Riesgos Laborales, las ARL reconocen las incapacidades temporales desde el día siguiente al accidente de trabajo o al diagnóstico de la enfermedad laboral. Función Pública
Por eso antes de hacer cualquier cálculo es fundamental saber:
¿La incapacidad es de origen común o laboral?
No debemos aplicar automáticamente las reglas de enfermedad general a ambas situaciones.
¿Qué debo revisar en mi desprendible?
Si tuviste una incapacidad durante el periodo, revisa:
- Fecha inicial de la incapacidad.
- Fecha final.
- Cantidad total de días.
- Origen común o laboral.
- Valor reconocido por incapacidad.
- Días de salario ordinario.
- Auxilio de transporte.
- Horas y recargos realmente trabajados.
Así podrás entender mejor por qué el total recibido puede ser diferente al de un periodo sin novedades.
Guarda siempre el soporte de la incapacidad
Conserva la documentación correspondiente a la incapacidad médica y verifica que las fechas registradas coincidan con las que aparecen reportadas ante tu empleador.
Una diferencia de apenas un día puede cambiar la distribución entre salario, incapacidad y otros conceptos de la nómina.
Incapacidades en Mi Nómina Hoy
Nuestra calculadora permite registrar los días de incapacidad como una novedad independiente.
Para enfermedad general, el cálculo distingue los primeros dos días a cargo del empleador y los días posteriores correspondientes a la EPS, además de ajustar los conceptos relacionados con los días efectivamente trabajados.
Así puedes obtener una estimación más cercana a lo que debería aparecer en tu periodo de nómina.
Fuentes oficiales
Para esta guía se consultó principalmente el Decreto 2943 de 2013, que establece que los primeros dos días de incapacidad por enfermedad general corresponden al empleador y la EPS asume desde el tercer día. Función Pública
También se tomó como referencia el artículo 227 del Código Sustantivo del Trabajo y un concepto de Función Pública publicado en 2026 que resume las entidades responsables en incapacidades prolongadas. Función Pública
Última revisión: octubre de 2026.
Este contenido tiene fines informativos y educativos. Los resultados y explicaciones pueden variar según las condiciones particulares de cada trabajador, contrato y los cambios normativos aplicables.